En esta segunda jornada de la XXXI Asamblea Ordinaria del CELAM se realizó la elección del Secretario General y el presidente del Comité Económico de la institución. Como Secretario General fue elegido en tercera votación Mons. Víctor Sánchez, obispo auxiliar de la arquidiócesis de México, y como Presidente del Comité Económico el elegido fue Mons. Emilio Aranguren, obispo de Holguín, Cuba.

Con la elección de estas dos nuevas autoridades queda completado el cuadro de obispos que tienen la misión de dirigir el Consejo Episcopal Latinoamericano por los próximos cuatro años (2007 al 2011). El cuadro queda de la siguiente manera: